Манастирът се състои от две свързани помежду си сгради, малка камбанария и църква по средата на голям двор. Безспорно храмът заслужава най-голямо внимание от целия комлекс. Той датира още от 11-ти век и е един от малкото оцелели паметници на българската средновековна архитектура, строителство и стенопис. Църквата не е действаща и представлява празно кубообразно помещение с купол, изградено от камък. Интерес представляват олтарът, който всъщност е масивна каменна плоскост, и подът от разноцветни мраморни и каменни парчета, събрани от дарения от местното население при строежа. Най-силно впечатление обаче правят стенните рисунки, които покриват изцяло вътрешните стени на храма и представляват безкрайно преливане на сцени и образи от библията. Повечето са от 14-ти век, а изображението на Св. Ана е единственото, оцеляло от самото създаване на храма. Запазени са и създадените по-късно образи на Св. Иван Рилски и Св. Климент Охридски, на деспот Деян и жена му Доя и др. Църквата е обявена за национален паматник на културата, а ктиторските портрети в Земенския манастир са най-старите и с най-голяма художествена стойност непосредствено след ценните образи на Калоян и Десислава на стените в Боянската църква.