Проходът е наречен така по името на римския император Траян, с когото се свързва съществувалата там крепост. Тя е проучена през 1975 при разкопки, ръководени от Димитрина Джонова. Датата на първоначалното строителство на крепостта е неизвестна, като първите писмени сведения за нея са от 3 век.Крепостта е известна също и като Щипон.В античността проходът носи името Суки (на латински: Succi), а непосредствено до него е изградено укрепление и пътна станция на име Соней (на латински: Soneium).През Средните векове проходът е наричан "Царски проход" или "Царски врата",а
по-късно и "Български проход". Проходът влиза в историята през 986 г., когато византийският император Василий II предприема поход срещу България в стремеж да
откъсне български територии. На 17 август българската войска начело с цар Самуил пресреща византийците при прохода Траянови врата и напълно ги разбива (битка при
Траянови врата).Името "Траянови врата" е използвано за пръв път от историка Антоний Бонфиний (1427-1502) във връзка с похода на Владислав Варненчик, който преминава с войските си прохода през 1443 г. По време на турското робство проходът е наричан и с турското име "Капъджик дервент" (от турски: kapı, капия, врата и dervent,проход),както и "Маркова капия". Огромната арка на римската порта, висока около 18 метра,била запазена до 19 век.