Мелник е основан според някои около І -ІІ в., но най-старите следи сочат като начало на селището ІХ в. До ХІV в. централна зона е било платото “Св. Никола”, наричано още “Славова крепост”. В града е запазена единствената средновековна “болярска” къща. Мелник е използван за заточение на византийски велможи след честите преврати в Константинопол. Бил е столица на Алекси Слав (1209-1230), който основал обширно самостоятелно княжество. До началото на ХХ в. (1905 г.) е имало запазени около 20 от съществуващите през средновековието 40 семейни параклиси
Областта на Мелник трайно влиза в границите на Българската държава по време на управлението на кан Пресиян когато през 837год българска военна експедиция водена от кавхан Исбул навлиза и присъединява земите от западните Родопи до Албания към България.
Мелник била най-силната и важна българска крепост, която служела като опорна точка за отбраната на Кресненския проход и изобщо пътя на север към Средец
След смъртта на цар Самуил Мелник е превзет без бой от войските на император Василий II /Българоубиец/
Ето как хронистът Скилица Кедрин описва събитията от тогава:
През Ключовската клисура той /императорът/ отишъл в областта “Загория, дето се издигала най-силната крепост Мелник ( и вар. ), изградена на една скала, обиколена отвред със стръмни и твърде дълбоки пропасти” . В това време българското население от околностите потърсило прибежище в тая крепост, вероятно още в началото на войната при навлизането на Василий II в България, и малко мислело за ромеите. Императорът, като видял, че крепостта, защитена тъй недостъпно от самата природа, е мъчно превзимаема, решил да се опита с хитрост да я завладее. Той изпратил при затворилите се в Мелник българи едного от най-близките си спалници, скопеца Сергий, който се отличавал с извъртливост и хитрост в речите, за да узнае тяхното настроение. Когато Сергий се явил в града, той говорил много и тъй убедително, че населението, като сложило оръжие вероятно под влиянието на известието за пълно поражение на българите и техния цар при Беласица, предало себе си и крепостта. Василий II приел града и се показал твърде много и достойно благосклонен към населението. Наскоро след това през октомври, като оставил в крепостта достатъчен гарнизон, заминал за Мосинопол”....
Градът остава под византийско управление до 1195г когато е превзет от българските войски водени лично от цар Йоан Асен I.По нататъшната му съдба е свързана с личността на болярина Добромир Хриз като влиза във “независимото” му феодално владение просъществувало до 1202г когато е завладяно от император Алексий III но за по – малко от година защото още през 1203 год цар Калоян завладява областта и назначава зза управител своя военначалник Ецуисмен /Чъсмен/.През 1205 год след завладяването на пловдив в Мелник е преселено местното му население и за негов управител цар Калоян назначил севаста Василий Вамбулин.
Презз XIII век Мелник е епископия
След смъртта на Калоян земите на Мелник попадат под властта първо на непризнаващия короната на брат си Борил севастократор Стреза след смъртта му влизат във владение на също така отцепилият се като самостоятелен родопски владетел Калояновят братовчед деспот Алексий Слав който мести столицата си от крепостта Цепина в Родопите в Мелник.За личността на деспота ни е оставил сведения хронистът Георги Акрополит:...”Този Слав като завладял силната и почти непревземаема за всички противници крепост Мелник станал самодържец и не се покорявал на никой от околните владетели.Понякога бил съюзник на италийците /латините/ свързвайки се с тях поради роднинство /женен за дъщерята на император Анри де Фландр и получил от него деспотската си титла / понякога държал страната на българите поради родство а понякога на Теодор Комнин.И никога никому не бил нито подчинен нито се свързвал истински във вярност и съгласие”....
Голямото самочувствие на деспот Слав намирало израз в издаването на царски грамоти /сигилии/ за строежи и дарения на манастири давайки им имунитетни права земи и цели села като те добивали статут на царски подобно на Св 40 Мъченици във Търново /Роженския монастир и Св Богородица Спилеотиса/
...............................”Така прочие и Ние след като се преселихме от Цепена в тукашното Наше владение Мелник пожелахме да издигнем изоснови честен монастир...в помен и молитва Нам и на Нашите родители и на всички онези които мислят и вярват благочестиво.По Божие желание Ние бързо построихметози монастирв една част на Мелникизградихме храм и го назовахме на Нашата пречиста господарка Богородица Спилеотиса....На този монастир Ние подарихме селото наречено Катуница заедно с неговите жители оттогава и занапред да го владее с всички права и правдини и с неговата околност и с цялото му имущество....В монастира прибавихме и свети изображения свещени книги и утвари......Този монастир....след Нашата смърт трябва да бъде назоваван от владетелска ръка царски монасти....Този монастир и онова което е в него нека се нарича – както се изтъкна деспотски и царски и да зависи от неговата личност.....Затова прочее като издадохме подписахме и подпечатохме и настоящия наш сигилий дадохме го на монастира за вечно утвърждаване през месец януарий индикт осми година 6728 /1220г/....писа и под/писа/ Алексий Деспот Слав...............................
След битката при Клокотница Мелник е отново част от българската държава но след смъртта на малолетния Калиман син на Йоан Асен II Мелник е предаден от областния управител Драгота на никейския император Йоан III Дука Ватаци.и за негов управител е назначен Михаил Комнин Палеолог /василевсът възстановил Византия и превзел Константинопол/.През 1255 отново началникът на мелнишката войска Драгота вдига бунт срещу византийската власт но възстанническата войска е разбита около Рупите а самия Драгота намерил смъртта си в боя.Поражението вероятно накарало и изпратените от търново помощни войски да се оттеглят.
По време на гражданската война във Византия между Андроник II и Андроник III /негов внук/ най – твърдо се държала мелнишкатта крепост под ръководството на Никифор Василиккойто заради достойното си поведение запазил поста си и при спечелилия войната млад император.
Мелник през 1327 г е владение на сръбския болярин протосеваст Хрельо /построил и умрял в едноименната кула в Рилския монастир/ получено от император Андроник III заедно с титлата Велик Доместика по-късно – кесар.Но малко преди да умре предал владенията си в ръцете на сръбския цар Стефан Душан.
Стефан Душан отстъпва Мелник на деспот Деян около 1355год. Но след смъртта на царя деспотът изпаднал в немилост пред новия цар Стефан Урош бил замонашен и по-късно умрял а Мелник станал владение на жупана Влатко Паскалич и след това на неговия син Углеша почетен с титлата кесар от сръбския цар.След смърртта на Углеша в битката с турците при Черномен Мелник и областта попадат под владението на братята Йоан и Константин Драгаш като последният – ревностен турски вассал заедно със сина на болярина Вукашин Марко /Крали Марко също турски васал/ загиват в битката при Ровине /край Крайова-северна Добруджа/ сражавайки се на страната на турците срещу християнската коалиция на влашкия войвода Мирчо Стари и унгарския крал Сигизмунд през 1395год.
През същата година Мелник попада под османско владичество до 1912год когато отново е свободен български град