Първите манастирски църкви се появяват във втората половина на IX в. Главният храм е от рядък и преходен вид - постепенно преминаване от базиликалния план към кръстокуполна църква. Сградата е била с три апсиди от изток, във всяка то които е имало отделна олтарна маса. Това е отзвук от старата източнохристиянска традиция, че на един жертвеник не може да се служи два пъти в денонощието. От юг пък е пристроен малък параклис с гроб на виден християнски мисионер.
В самото начало на XI в. двете сгради са демонтирани до основи и на тяхно място е издигнат сегашният манстирски комплекс. За защита от вражески нападения, той бил ограден с крепостна стена, усилена с осем кули. Вътре е построена величествена църква, дълга почти 21 метра .т.н. "атонски тип". Такива култови постройки започват да се строят през XI в. вследствие идеите за организираното монашество, проповядвани на Атон от Св. Атанасий. По конструктивните детайли разкритата в Кърджали сграда е свързана с най-ранния храм на Света гора, този на Великата лавра "Св. Атанасий Атонски".Главната църква на манастира е била пищно украсена. Стените и са раздвижени с редове камък и тухла, полигонални повърхности, различни слепи арки и ниши. Във вътрешността е имало много детайли от мрамор. Към втората половина на XII в. храмът е напълно изписан с изображения на воини-светци, църковни отци, монаси-отшелници. Върху тези стенописи бе открит надпис-графит на старобългарски език, от който стана известно древното име на манастира.
Вътрешността на обителта е била плътно застроена със сгради. Още във втората половина на XI в. от север на главната църква е долепен малък параклис.От изток е разкрита трапезарията за монасите.Тя пък е свързана с монументалния жилищен дворец на игумена, който същевременно е бил епископ на цялата област.
Археологическите проучвания показват, че братята са живели охолно, а манастирът е бил много богат. Вначалото на XIII в обителта е ограбена и разрушена от рицарите на Четвъртия кръстоносен поход. По-късно е възстановена, но през 40-те години на XIV в. е отново опожарена и окончателно изоставена. Столетията натрупват върху руините тридесетметрова могила.