Повечето от нашите и чуждите изследователи се обединяват около идеята, че „Червената църква“ край Перущица е била изградена в края на V или началото на VI век при управлението на император Анастасий I.
Веднага след свикания Вселенски събор в Сердика (на „Помирението“), 343 г.н.е., в цяла Тракия започнало строителство на култови сгради, сред които имало и такива, предназначени да съхраняват паметта на мъчениците, загинали за утвърждаване на християнството. Мястото е внимателно подбрано. “Червената църква” е построена в близост до старо езическо светилище, в непостедствена близост до важния византийски град Филипопол (дн. Пловдив). До най-важните пътища от Тракия за Бяло море, и от Константинопол за Западна Европа. Предполага се, че храмът е бил известен в миналото с изцелителните мощи на християнски мъченик, загинал за утвърждаване на вярата по тези земи. Храмът се е казвал "Света Богородица", но е станал известен като „Червената църква“ заради типичните римски тухли и розов хоросан, от които е изграден.