Известният изследовател на византийското изкуство Ричард Краутхаймер еднозначно датира Охридската "Св. София" в IХ век. Счита се, че тя е една от седемте съборни черкви, съградени от княз Борис I. От проучванията се разбира, че черквата е издигната на мястото на две по-стари култови сгради, а надлъжните й стени, както и западната, лежат върху солидни по-стари зидове. Засега е твърдо установено, че в сградата отпреди турското нашествие има части най-малко от три периода на градеж.

Във всички случаи настоящата базилика "Св. София" е построена не по-рано от покръстването на България и не по-късно от времето на цар Самуил т. е. края на IХ - началото на ХI век. Това я поставя в редицата паметници от прехода между базиликата и кръстовидната куполна черква. Освен това в "Списък на българските архиепископи", съставен през ХII век, публикуван от Дюканж и цитиран от Григорович в неговите пътни бележки, пише, че "... долната черква на името на "Мъдростта" (т. е. "Св. София") е била съградена (в смисъл подновена и изписана) по времето на Лъв" - български архиепископ на Охрид. Към неговото време (1037 - 1056 г.) някои изследователи отнасят първия пласт стенописи. Западното крило с галерията на етажа му - т. нар. Григориева галерия пък е прибавено през 1317 г. според тухлен надпис запазен на фасадата.