Националния парк Керкини, който е един от най- големите гръцки национални паркове, е обявен през 2006 година за управление на три Натура 2000 защитени зони. Две от тях са по Директивата за дивите птици и една по Директивата за хабитатите.
Той е обитаван от над 300 вида птици.
Паркът е световно извествен с намиращият се в него язовир Керкини. Язовирът е създаден на местото на стари влажни зони около река Струма. Въпреки, че повишаването на водното ниво е унищожило голяма част от влажната зона, то той все още е едно от най- интересните места за наблюдения на птици в Гърция. По тази причина още през 1974 година е обявен за влажна зона от международно значение и е включен в списъка на Рамсарската конвенция.
Язовирът е плитък и се характеризира с изключителна рибна продуктивност, която прилича стотици хиляди птици.
Ловът е забранен от 1982 година и днес птиците почти не се страхуват от хората там.
Националният парк е световно известен със своите къдроглави пеликани, които не се страхуват от хората. Къдроглавият пеликан е световно застрашен вид, а Керкини е местото, където той може да бъде наблюдаван от няколко метра.
Хилядните ята от фламинга през зимата също привличат множество посетителите, особено от България.
Всяка зима няколко десетки големи кресливи орли и до над 50 малки белочели гъски зимуват около язовира. Това е едно от най- добрите места в Европа за тяхното наблюдение.

Националният парк Керкини граничи на север с Природен парк Беласица. Планината Беласица е също така уникална, като езерото под нея. Българска Фондация Биоразнообразие работи в сътрудничество с Национален парк Керкини и Природен парк Беласица за обявяване на района за трансгранична защитена територия.