Стефан Караджа е роден на 11 май 1840 г. в село Ичме (днес Стефан Караджово), Ямболско. Учи в Тулча, но поради липса на средства напуска училище. Побеждава по време на сватба прочутия турски борец Гаази Плиса. Укрива се известно време, преследван от турците, след което емигрира в Румъния, а после постъпва в Първа българска легия в Белград.

Няколко пъти преминава Дунава с революционни задачи. През 1867 г. постъпва във Втората българска легия. През 1868 г. я напуска и заминава за Румъния. Там се среща с Хаджи Димитър. На 6 юли двамата начело на чета от 129 души минават Дунав при село Вардим. В боя в местността Канлъдере край Вишовград Стефан Караджа е ранен тежко и e пленен от изпратените от председателя на Държавния съвет Мидхад паша войски и полиция. След това, на 12 юли, е откаран в Търново и по-късно в Русе. Полумъртъв е изправен пред съставения от Мидхад паша извънреден съд, наречен криминален съвет, и осъден на смърт чрез обесване. На 31 юли 1868 г. е обесен. Погребан е от баба Тонка Обретенова, която запазва черепа му.