Панамският канал пресича Панамския провлак на едно от най-тесните му и ниски места. Общата му дължина е към 82 км, като от тях около 16 км са прокарани в Панамския и Лимонския заливи и 66 км през сушата. Най-малката му ширина е към 92 м, а в по-голямата си част е широк 100 м. Средната му дълбочина е около 15 м.
На канала са построени 6 шлюза, по които минават кораби в две посоки. Прекарването на корабите през тях става с помощта на електрически локомотиви, които се движат по зъбчати релси. Обикновено преминаването на един кораб през канала трае 8 ч., три от които се падат на шлюзите. За едно денонощие минават 48 кораба, а за годината – 17 хиляди.Първата група шлюзове на брой 4 се наричат Мирафлорес,входа от към Тихи океан.Втората група е Педро Мигел.