Австронезийските мореплаватели и арабските търговци вероятно са били първите посетители на островите.Първитекоито официално ги документират,са португалците през 1502г. начело с адмирал Вашко да Гама,който минава през Амирантската група острови,и ги кръщава на себе си(острови на Адмирала.Първото документирано слизане на суша на тях,и първите писмени свидетелства са направени от екипажа на английския кораб „Асенсион“ през 1609г. След това близо 150 години островите остават незаселени.През 1742г. французите правят изследвания на островите.Използвани са за транзитна точка на търговията между Азия и Африка,понякога дори и от пирати,до поемането на островите от Франция през 1756 г.под командването на капитан Никола Морфе.Наречени са на името на Жан Моро дьо Сейшел,финансов министър при управлението на Луи XV.
Британците оспорват френския контрол върху Сейшелите между 1794 и 1811г.Жан Батист Куйо де Кинсе,френски администратор на островите през годините на войната с Великобритания,отказва да воюва с пристигналите британски бойни кораби и спазарява капитулацията им срещу позиция на неутралитет за заселниците им.
След превземането на Мавриций през 1812г.Великобритания поема пълния контрол върху островите.Това е официализирано през 1814г. с Парижкия договор.Сейшелите стават британска колония,отделна от Мавриций,през 1903г.През 1976г.придобиват независимост,като република-член на Британската общност.
Първият избран президент е Джеймс Манчъм.През 1977г.той е свален чрез преврат,който поставя на негово място Франс Алберт Рене. През 1979г.е приета конституция,която обявява държавата за социалистическа и еднопартийна,и е запазена до 1991г.Създадена е нова конституция,която през 1992г.не успява да получи нужната подкрепа от 60% от избирателите,но коригирана нейна версия е одобрена през 1993 г.