Заливът Гуанабара,където днес се намира Рио,е открит от португалеца Гашпар де Лемош на 1 януари 1502.Той го нарича„Рио“ (на португалски река),тъй като според него това е речно устие,а не залив.
Рио де Жанейро е основан на 1 март 1565г от португалеца Ещасио де Са близо до хълма Захарна буца,за да служи като крепост и да защитава земята от нашественици след изгонването на френските заселници.
Пълното име на града е Сао Себастиао до Рио де Жанейро в знак на почит към португалския крал Себастиан I.През 1567 селището е преместено в Моро де Кащело,населението наброява 3000 души, повече от които са местни.Развива се риболовът и най-вече ловът на китове,както и производството на захарни продукти.Създадени са големи плантациии за захарна тръстика.